Hace muchos años, a 9 millones de años luz de la Tierra, en el planeta Krypton, un mundo altamente desarrollado tecnológicamente. En las ciudades avanzadas como Kandor, la cúpula gobernante, conocida como la «Liga de la Ciencia», utilizaba la energía del sol rojo para impulsar sus avances.
Sin embargo, los padres de Kal-El, Jor-El y Lara-El, eran granjeros alejados de la élite, enfrentando dificultades agrícolas debido a la explotación del planeta.
Kal-El narra la historia, destacando la rígida estructura social de Krypton, donde la clase gobernante ostentaba el símbolo de un sol rojo y la clase trabajadora, un símbolo de la “S”, que Jor-El y Lara llevaban con orgullo.
En una expedición minera, Jor-El descubre una inestabilidad en el suelo que amenaza a Krypton. A pesar de sus advertencias, es ridiculizado y expulsado de la Liga de la Ciencia.
El planeta está muriendo, y una escena de colapso confirma sus temores cuando un supervisor es devorado por una sustancia verde y ácida.
En el presente, en las minas de diamantes en Brasil, trabajadores pobres son explotados por la corporación Lázaro. Una nevasca de polvo de amianto, un mineral cancerígeno, cae sobre las favelas.
Superman, que ahora vive entre ellos, interviene cuando los pacificadores de Lázaro intentan capturarlo, revelando su verdadera identidad y su traje alienígena avanzado. Aunque enfrenta a los pacificadores, su prioridad es evacuar a las personas.
Kal-El, equipado con una armadura viviente, demuestra su poder pero es finalmente capturado por la agente militar Lois Lane.
En los poscréditos, Brainiac aparece en Nevada, intrigado por Superman y revelando ciudades atrapadas en botellas, mientras en Krypton, Jor-El y Lara-El enfrentan la inminente destrucción del planeta con su joven hijo Kal-El, aún sin llegar a la Tierra. La historia termina con la familia abrazándose mientras el planeta colapsa.